Die erste Waldkirchener Schule war, gemäß aller vorliegenden Daten, das Gebäude an der Wegekreuzung Börnichener Straße 1, die sogenannte „Kirchschule“. Gleichzeitig gab es im Zschopental die Werksschule des Blaufarbenwerkes für die Kinder der Werksangehörigen. Nach der Schließung des Werkes wurde 1870 an der Dorfstraße die „Untere Schule“ errichtet. Dort unterrichteten 2 Lehrer und ein Hilfslehrer 391 Schüler. Doch bald waren auch hier die räumlichen Kapazitäten erschöpft. Deshalb entstand 1905 auf dem „Stein“ die neue Waldkirchener Schule. Das Gebäude verfügte über 3 Klassenzimmer und einen Zeichensaal. Drei Lehrer unterrichteten 314 Kinder. Die „Untere Schule“ und die bis 1905 auch noch bestehende Kirchschule wurden verkauft. Schlimme Zeiten brachte der Zweite Weltkrieg auch für die Schule mit sich. In einer Februarnacht 1945 wurde das Schulgebäude durch Bombeneinschläge stark beschädigt. Ein Klassenzimmer brannte völlig aus, alle Fensterscheiben waren zerborsten aufgrund der Wucht der Einschläge und Schulmöbel verbrannten. Die Turnhalle wurde ebenfalls zerstört. Entsprechend schwer war der Anfang nach dem Krieg. Zunächst wurden in der siebenstufigen Schule wieder ca. 250 Kinder unterrichtet. Bis 1947 stieg die Schülerzahl durch Umsiedler auf über 300. 1952 /53 baute man die Lehrerwohnungen im Erdgeschoss zu zwei weiteren Klassenzimmern um. Unter schwierigen Bedingungen wurde 1957 ein Schulanbau für Küche, Hort und Werkraum errichtet. Viele Einwohner spendeten Geld. Schüler, Lehrer und Eltern beteiligten sich durch Arbeitseinsätze am Bau.
1962 entstand die 10-klassige Polytechnische Oberschule, die später den Namen „Ernst Schneller“ trug. Der Schulbereich Waldkirchen/Börnichen wurde 1974 gebildet. Ab 1977 lernten die Klassen 1 bis 4 in Börnichen und die Klassen 5 bis 10 in Waldkirchen. 1978 /79 wurde an der Südseite ein Anbau für das Sekretariat und neue Toiletten in zwei Etagen errichtet. Im Dezember 1983 konnte der Erweiterungsbau mit Küche, Speiseraum und drei Fachunterrichtsräumen für Physik, Chemie und Deutsch eingeweiht werden. Nach der Wende wurde die Schule 1990 zunächst zu einer Mittelschule. 1992 erfolgte aber bereits die nächste Umstrukturierung zu einer Grundschule und seitdem lernen hier nur noch die Kinder der Klassen 1 bis 4. In den neunziger Jahren kamen aufgrund der rückläufigen Schülerzahlen dann auch Mädchen und Jungen aus Börnichen und Grünhainichen dazu. Zeitweise war die Grundschule mit fast 130 Schülern zweizügig und die räumlichen Kapazitäten stießen wieder an ihre Grenzen. Auf Initiative der Eltern wurde 2008 das Außengelände umgestaltet. Der neu gegründete Förderverein organisierte jährliche Arbeitseinsätze. Jedoch wurden am Gebäude selbst immer wieder Brandschutzmängel aufgezeigt. Ebenso gab es auch an der Turnhalle einen erheblichen Sanierungsbedarf. Deshalb beschloss der Gemeinderat der neu gegründeten Einheitsgemeinde Grünhainichen den Ersatzneubau einer Grundschule mit Turnhalle auf dem Gelände des ehemaligen Freibades Grünhainichen. Die Grundsteinlegung erfolgte am 16. September 2020. Erste Einschulungen sind für 2022 geplant.